Tập tin index.php được xem như controller đầu vào, tiếp nhận các yêu cầu từ phía client và chuyển các yêu cầu này cho hệ thống xử lý.

Thư mục system chứa phần lõi của CodeIgniter, bao gồm các thư viện xây dựng sẵn, các tập tin ngôn ngữ, ghi chú hệ thống,... Trong đó các thư mục sau khá quan trọng :

Thư mục application : dành cho lập trình viên, các tập tin được lập trình cho ứng dụng sẽ được lưu trong thư mục này.

Thư mục cache : bộ đệm của hệ thống, chứa các trang đã xử lý trước đó.

Thư mục helpers : chứa các hàm hỗ trợ cho lập trình viên khi viết ứng dụng.

Thư mục libraries : chứa thư viện dựng sẵn của CodeIgniter.

Đối với lập trình viên, các tập tin lập trình sẽ được lưu vào thư mục system/application. Trong đó :

- Thư mục config : chứa các tập tin cấu hình hệ thống.

- Thư mục controllers : chứa các lớp controllers.

- Thư mục errors : chứa các tập tin lỗi.

- Thư mục helpers : chứa các hàm tiện ích do người dùng định nghĩa.

- Thư mục hooks : chứa các tập tin để mở rộng mã nguồn CodeIgniter.

- Thư mục language : chứa các tập tin ngôn ngữ.

- Thư mục libraries : chứa các thư viện cho người dùng định nghĩa.

- Thư mục models : chứa các lớp model.

- Thư mục views : chứa các lớp view.

Ta cũng có thể đổi tên thư mục application thành tên tuỳ ý. Sau khi đổi tên, cần thiết lập tên mới cho biến$application_folder trong tập tin index.php. Ngoài ra ta cũng có thể tạo nhiều ứng dụng trong cùng một bộ cài đặt CodeIgniter bằng cách tạo ra các thư mục con bên trong system/application. Các thư mục này có cùng cấu trúc giống như thư mục gốc application.

Chẳng hạn ta có 2 ứng dụng foo và bar. Khi đó cấu trúc thư mục sẽ như sau :

Để biết tập tin index.php sẽ chạy ứng dụng nào, ta khai báo lại giá trị của biến $application_folder.

$application_folder=”application/foo”;